Le LIRIS (Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Système d'information) participe actuellement à l’élaboration de visualisations interactives d’un nouveau jeu de données pour les essais cliniques en cours sur le COVID 19. Les chercheurs répondent à un appel lancé par des épidémiologistes du CRESS, le Centre de Recherche en Épidémiologie et Statistiques.
Le CRESS a en effet constitué un jeu de données sur les quelques 300 études et essais cliniques en cours sur le COVID-19, grâce à un effort commun avec un réseau de laboratoires internationaux. Le jeu de données se focalise en particulier sur des essais cliniques autour du COVID, aussi bien en cours que passés. Le but est de diffuser ce jeu de données pour identifier des zones de tests de traitement encore inexplorées dans la lutte contre la pandémie. Les visualisations permettent de faire cela de manière intuitive et interactive.
Explorer de nouvelles pistes dans la lutte contre le COVID-19
L’expertise du LIRIS a été sollicitée en appui à celle de chercheurs en épidémiologie afin de mieux structurer les données existantes qui sont la combinaison de sources regroupées par l’OMS (Organisation mondiale de la santé). Dans un premier temps, le LIRIS a proposé des méthodes de visualisation afin d’identifier les incohérences dans les données et permettre leur uniformisation.
L’objectif du jeu de données est d’être rendu publique afin de tester de nouveaux traitements, de nouvelles molécules (autres que celle très populaire en ce moment comme la chloroquine), de les comparer entre elles, voire de les combiner.
« Grâce à nos outils de visualisation, nous avons permis aux chercheurs de mieux communiquer l’application d’un tel jeu de données comme l’exploration de co-occurrences entre certaines molécules », explique Romain Vuillemot, maître de conférences au LIRIS et enseignant au département Math-Info de Centrale Lyon, qui coordonne la partie visualisation de ce jeu de données.
Les compétences du LIRIS mises en œuvre de manière pratique en un temps limité
En quelques jours, un groupe de chercheurs du LIRIS a été mobilisé spécifiquement sur ce projet : « Nous apportons nos compétences scientifiques et techniques en visualisation de données. Cependant, comme il s’agit d’un nouveau jeu de données totalement nouveau, il a fallu interagir de manière étroite avec les partenaires afin de s’accorder sur le format des données. À ce stade, nous avons réalisé beaucoup de visualisations exploratoires permettant notamment de diagnostiquer la qualité de ces données. Dans un second temps, nous avons réalisé des visualisations permettant de mieux explorer les combinaisons de traitements. Nous nous sommes focalisés sur la communication pour être compréhensibles par des chercheurs souhaitant explorer de nouvelles pistes dans la lutte contre le coronavirus. Ce travail nous a permis de mettre en œuvre les compétences du LIRIS de manière pratique, en un temps limité. Nous avons beaucoup appris et ces travaux vont influencer nos recherches futures afin de développer des méthodes exploratoires de données pour ce type d’urgence », précise Romain Vuillemot.
Ces données ont été rendues publiques par le CRESS/INSERM/APHP et mises en ligne ici. Elles sont mises à jour régulièrement en fonction des nouvelles études réalisées.
Le LIRIS est une unité mixte de recherche porté par le CNRS, l'INSA Lyon, l'Université Claude Bernard Lyon 1, l'Université Lumière Lyon 2 et l'École Centrale de Lyon.
