L'Ecole Centrale de Lyon est un EPCSCP (Etablissement Public à Caractère Scientifique, Culturel et Professionnel).

Dirigée par un directeur entouré d'une équipe de direction, l'Ecole est structurée en départements chargés de favoriser la synergie entre les deux missions essentielles de l'établissement : la formation et la recherche. Ces 6 départements coordonnent les actions des unités de recherche et des unités d'enseignement.

L'Ecole est administrée par un Conseil d'Administration, assisté d'un Conseil des Etudes et d'un Conseil Scientifique. Ces trois instances sont composées de membres représentant toutes les catégories de personnes de l'Ecole, et de membres extérieurs, institutionnels et industriels.